Inspirada nos quadrinhos Gotham Central, de Ed Brubaker e Greg Rucka, a série Gotham mostra como era a famosa e violenta cidade muito antes do surgimento do Batman, apresentando as forças policiais como a principal defesa dos cidadãos contra os piores criminosos que se possa imaginar. Diferente da primeira temporada (que destacou as máfias), a segunda foi completamente dominada pelos vilões mais populares da DC Comics, como Charada (Cory Michael Smith, de Carol), Hugo Strange (BD Wong, de Jurassic World: O Mundo dos Dinossauros), Senhor Frio (Nathan Darrow, de House of Cards), Vagalume (Michelle Veintimilla, de Pais e Filhas) e Azrael (James Frain, de The Tudors).
Iniciando com a ascensão do Coringa/Jerome Valeska (Cameron Monaghan, de Shameless), o programa plantou a ideia da existência de vários Coringas, informação que a DC Comics confirmou apenas nas últimas semanas (a editora revelou que há três Coringas), com a publicação da revista Justice League #50. Simultaneamente, foram introduzidos os irmãos Theo (Frain) e Thabita Galavan (Jessica Lucas, de Cloverfield: Monstro), que, numa vingança ao Wayne remanescente, inserem na trama a Ordem de São Dumas e desencadeiam grandes efeitos nas vidas de James Gordon (Ben McKenzie, de The O.C.) e Pinguim (Robin Lord Taylor, de The Walking Dead).
Em paralelo, a segunda temporada de Gotham avança na transformação de Edward Nygma (Smith) em Charada, chegando a direcionar todos os holofotes para o personagem em alguns episódios, que exibe o potencial visto nas HQs, cinema e nos games, tanto que ele comete outro homicídio e ainda consegue fazer o detetive Jim Gordon ser preso. Outra novidade está no capítulo By Fire, pois, o seriado recebe uma (inédita) versão feminina do incendiário Vagalume, cujo alter ego é a jovem Bridgit Pike (Veintimilla).
Do fogo ao gelo, a metade final da temporada conta com a estreia do Senhor Frio (Darrow), que entra como protagonista de Mr. Freeze e também em A Dead Man Feels No Cold, e tem a sua caracterização original completada no decorrer da história. Além disso, no Asilo Arkham, Hugo Strange (Wong) assume o comando de experimentos ilegais, culminando no aprimoramento e produção massiva de antagonistas, o que leva Gotham City a um estado de caos total. A participação de Gotham City adiciona detalhes sobre a morte de Thomas e Martha Wayne.
Deste modo, no geral, a temporada causa diversas reviravoltas para Jim Gordon, uma vez que ele é contestado pelo capitão Nathaniel Barnes (Michael Chiklis, intérprete do Coisa, em Quarteto Fantástico), condenado publicamente e descobre que a doutora Leslie Thompkins (Morena Baccarin, de Deadpool) está grávida. Enquanto isso, Bruce Wayne (David Mazouz, de Touch) conhece Silver St. Cloud (Natalie Alyn Lind, de The Goldbergs), vive aventuras com Selina Kyle (Camren Bicondova, de No Ritmo do Passinho), Lucius Fox (Chris Chalk, de The Newsroom) e, claro, com seu mordomo e guardião Alfred (Sean Pertwee, de Elementar).
Com a certeza de que tem acertado ao trabalhar com múltiplos vilões em vez de heróis, Gotham já prepara para a terceira temporada as voltas da empoderada Fish Mooney (Jada Pinkett Smith, de Matrix Revolutions) e Cara-de-Barro e as estreias do Chapeleiro Louco, Solomon Grundy e da Corte das Corujas .