Lançado em 1991 – o ano posterior à estreia do primeiro filme –, As Tartarugas Ninja II – O Segredo do Ooze contou com aproximadamente o dobro do orçamento da produção inicial e uma proposta muito mais ambiciosa. Deste modo, além do retorno do Destruidor (François Chau, de Lost), o filme dirigido por Michael Pressman (Blue Bloods) mostra a luta de Leonardo, Raphael, Michelangelo e Donatello contra Tokka (Kurt Bryant, de Dois Picaretas E um Bebê) e Rahzar (Mark Ginther, de Homem de Ferro 3), uma tartaruga e um lobo mutantes.
Com a atriz Paige Turco (The 100) substituindo Judith Hoag (Nashville) no papel da jornalista April O’Neil e sem a participação de Casey Jones, o longa se passa um dia depois de dos eventos de As Tartarugas Ninjas (1990) e repercute alguns de seus principais acontecimentos. Enquanto procuram por um novo esconderijo nos esgotos de Nova York, os irmãos Leonardo (Mark Caso, de Mortal Kombat), Raphael (Kenn Scott, de Showdown – A Hora de Vencer), Michelangelo (Michelan Sisti, de Família Dinossauros) e Donatello (Leif Tilden, de Ace Ventura 2 – Um Maluco na África) descobrem que a substância que os criou está próxima de ser encontrada pelo Professor Jordon Perry (David Warner, de Tron – Uma Odisséia Eletrônica).
Ressurgindo após ser derrotado, o Destruidor reúne o que restou do Clã do Pé para obter o composto Ooze e, assim, vingar-se das Tartarugas Ninja. Para isso, mantendo o cientista Jordon Perry como refém, o vilão transforma dois bichinhos inofensivos nos poderosos monstros Tokka e Rahzar, visando colocá-los contra o grupo de super-heróis. Embora a dupla possua cérebros de bebês, Tokka e Rahzar aumentam o nível das cenas de combate da franquia, pois, demandam o uso de efeitos visuais ao levantarem carros e arremessarem seus adversários pelos ares.
No decorrer da trama, o título ainda apresenta Keno (Ernie Reyes Jr., de Bem-vindo à Selva), um garoto estudioso das artes marciais, cujo papel cresce em importância e ajuda nas investigações sobre os remanescentes do Clã do Pé. Entretanto, o rato Mestre Splinter (Kevin Clash, de Vila Sésamo) – sensei e figura paterna de Leonardo, Raphael, Michelangelo e Donatello – tem participação mais discreta em comparação à aventura inicial das Tartarugas nas telonas.
Parte da infância de quem cresceu nos anos 1990, As Tartarugas Ninja II – O Segredo do Ooze inovou ao trazer dois antagonistas semelhantes aos protagonistas (nos quesitos origens e fantasia) e por fazê-los lutar em uma danceteria, ao som de Vanilla Ice – uma cena épica! –, com a música Ninja Rap.