Uma das histórias mais polêmicas do Homem-Aranha, a Saga do Clone coleciona momentos controversos e elementos presentes na história do Amigão da Vizinhança desde os anos 90 até hoje. Contudo, antes de Kaine e Ben Reilly, a primeira saga do Clone começou lá nos anos 70, logo após a morte de Gwen Stacy.
Os clones do Chacal
Miles Warren era professor de Peter Parker e Gwen Stacy na faculdade. Aparentemente, Warren era um homem honesto e um bom professor, entretanto, ele também nutria uma paixão secreta por Gwen Stacy e uma inveja profunda de Peter Parker. Em um experimento, o professor conseguiu amostras de DNA de Peter e Gwen, e com isso, descobriu que Peter era o Homem-Aranha.
Após a morte de Gwen, na famosa luta do Homem-Aranha contra o Duende Verde, Miles Warren enlouqueceu. Com isso, o antigo professor se tornou o vilão Chacal e fez clones de Gwen e de Peter para torturar o Homem-Aranha. Além disso, o vilão contratou o Justiceiro para matar o Aranha, história que marcou a estreia de Frank Castle nos quadrinhos.
Após criar os clones de Peter e Gwen, o Chacal treinou o clone para lutar contra o Homem-Aranha. Após o Cabeça de Teia lutar ser derrotado pelo vilão, o Chacal sequestrou Ned Leeds e o amarrou a uma bomba, fazendo com que o Homem-Aranha tivesse que enfrentar seu clone para salvá-lo.
No fim, o clone de Gwen Stacy apela à sanidade de Miles Warren, fazendo com que o vilão salve Ned Leeds segundos antes da bomba explodir, aparentemente matando o vilão e os clones.
O retorno do Clone
Muitos anos depois, Peter está enfrentando problemas em seu relacionamento com Mary Jane. O herói está em conflito com sua identidade secreta, passando mais tempo como Homem-Aranha e ignorando sua vida como Peter Parker. Além disso, a Tia May sofre uma para cardíaca e é internada, tudo isso enquanto um vilão sequestra o Instituto Ravencroft.
Dessa forma, a história apresenta um misterioso personagem, que aparentemente tem ligação com a Tia May, e não quer ser visto por Peter de jeito nenhum. Após tentar fugir pelo telhado do hospital, a figura acaba encontrando o Homem-Aranha, se revelando como Ben Reilly, o clone perdido de Peter Parker.
Assim, é revelado que o clone sobreviveu àquela noite, e viveu seus dias isolado. No entanto, após Peter falhar em deter a invasão em Ravencroft, Ben veste um antigo traje de Homem-Aranha e vai ajudá-lo. Com isso, após a luta, o clone resolve seguir seu impulso de ajudar, assumindo a identidade de Aranha Escarlate.